ELIXIR organizira hackathon o strojnem učenju in biostatistiki

Spoštovani,

v ponedeljek, 12. oktobra bo med 9:00 in 17:00 CEST potekal prvi del dvodnevnega mednarodnega hackathona o strojnem učenju in biostatistiki (Machine Learning and BioStatistics), ki ga organizira ELIXIR. Zaradi pandemije COVID-19 bo dogodek v celoti potekal virtualno. Drugi del hackathona bo potekal v sredini novembra 2020, o točnem datumu vas bomo pravočasno obvestili.

Temo hackathona smo izbrali glede na rezultate ankete o potrebah po izobraževanju, ki jo je ELIXIR izvedel lani. Pokazalo se je, da so pomanjkanje učnih materialov in potrebe po dodatnih znanjih največje prav na področju strojnega učenja in biostatistike, zato zdaj organiziramo hackathon za pripravo materialov za praktično izobraževanje na tem področju. Materiale bomo oblikovali v skladu s smernicami in standardi platforme ELIXIR za izobraževanje (ELIXIR Training Platform).

V prvem delu hackathona (12.10.2020) se bomo osredotočili na pripravo okvirja za učne materiale, vključno s cilji in pričakovanimi rezultati izobraževanja ter profilom udeležencev izobraževanja. V drugem delu (novembra) bomo zaključili z izdelavo materialov in oblikovali vaje za praktični del izobraževanja. Materiali, ki jih bomo oblikovali na hackathonu, bodo javno dostopni na GitHub pod licenco CC-BY. Ponovna uporaba materialov bo mogoča tako za člane kot za nečlane ELIXIR.

Vse poznavalce strojnega učenja in biostatistike vabimo, da se nam pridružite na hackathonu. Če vas zanima udeležba, prosim izpolnite prijavni obrazec do petka, 9.10.2020. Po izteku prijavnega roka bomo vsem prijavljenim poslali povezavo do videokonferenčnega sistema, ki ga bomo uporabljali na hackathonu. Prosimo vas tudi, da širite novico o hackathonu po svojih omrežjih.

Če imate vprašanja ali želite pojasnila o dogodku, se lahko obrnete na dr. Fotisa Psomopoulusa (INAB|CERTH, ELIXIR Grčija), ki je glavni organizator dogodka – fpsom@certh.gr

Lep pozdrav,

ekipa ELIXIR Slovenija

Izobraževanje za delo na sekvenatorju Nanopore GridION

Spoštovani člani vozlišča ELIXIR Slovenija!

Vabimo vas na izobraževanje za delo na sekvenatorju Nanopore GridION, ki je del infrastrukture ELIXIR-SI. Oprema je dobavljena v okviru kohezijskega projekta ELIXIR-SI RI-SI-2.

Prva dva dneva (5. 10. in 7. 10.) sta dopoldan namenjena teoretični predstavitvi tehnologije Nanopore za aplikacije RNA in DNA, tretji dan (9. 10.) pa analizi podatkov. Teoretični del bo v celoti dostopen vsem zainteresiranim preko aplikacije ZOOM.

Praktični del bo izveden 5. 10. in 7. 10. popoldan na Medicinski fakulteti UL, v prostorih CFGBC IBK, Zaloška 4. Obsegal bo testna sekvenciranja RNA pod video nadzorom strokovnjakov Nanopore.


Organiziran bo za omejeno število udeležencev, poleg skrbnikov opreme predvsem za raziskovalce z izkušnjami s tehnologijo Nanopore.

Podroben program in povezava sta navedena v vabilu.

Vljudno vabljeni!

Mikrobiološka skupnost ELIXIR ima nova orodja za analizo v okolju Galaxy

Mikrobiološka skupnost ELIXIR (Microbial Community) se ukvarja z razvojem orodij za analizo in načrtovanje mikrobnih procesov. Orodja, ki so jih razvili raziskovalci iz skupnosti, so sedaj na voljo v orodjarni Galaxy za sintetično biologijo in metabolni inženiring. Skupnost pripravlja tudi novo implementacijsko študijo o uporabi podatkovnih nizov FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) v smiselnih matematičnih modelih.

Objavljeno poročilo ScienceEurope in OECD o optimizaciji uporabe nacionalnih raziskovalnih infrastruktur

ScienceEurope in Organizacija za ekonomsko sodelovanje in razvoj (Organisation for Economic Co-operation and Development – OECD) sta objavila skupno poročilo o izboljšanju uporabe nacionalnih raziskovalnih infrastruktur. Poročilo obravnava stanje infrastrukture v 12 državah članicah OECD (Avstralija, Kanada, Francija, Nemčija, Madžarska, Japonska, Južna Koreja, Nizozemska, Norveška, Švica, Velika Britanija in ZDA). Poročilo je dostopno na tej povezavi .

Začela se je ECCB – Evropska konferenca za računalniško biologijo

Med 31. avgustom in 8. septembrom poteka 19. Evropska konferenca za računalniško biologijo (European Conference on Computational Biology – ECCB). Zaradi epidemije Covid-19 dogodek letos poteka virtualno, organizira pa ga ELIXIR Španija, ki bi prvotnem načrtu moral gostiti dogodek v živo v Barceloni. ECCB 2020 je forum za druženje in povezovanje znanstvenikov z vsega sveta, ki se ukvarjajo z vrhunskim raziskovalnim delom na področjih bioinformatike in računalniške biologije. ECCB 2020 je največje letno znanstveno srečanje na svojem področju v Evropi. Program srečanja si lahko ogledate na tej povezavi .

Če koga zanima udeležba na dogodku, se lahko še vedno registrira (tukaj je povezava do registracijskega obrazca). Ob registraciji je potrebno plačati kotizacijo – višina kotizacije je v razponu od 10 do 90 evrov in je odvisna od države, akademskega statusa ter članstva v Mednarodnem društvu za računalniško biologijo (International Society for Computational Biology – ISCB), obstaja pa tudi popust za skupinsko registracijo. Cenik je objavljen na registracijskem obrazcu .

Še vedno se lahko prijavite na virtualni ELIXIR Biohackathon

ELIXIR Biohackathon je vsakoletni dogodek za programerje in razvijalce, ki sodelujejo pri vseh pomembnejših projektih ELIXIR. Na dogodku sodelujejo tudi zunanji partnerji iz držav, ki niso članice ELIXIR, npr. ZDA in Japonska. Letos bo Biohackathon potekal med 9. in 13. novembrom v virtualnem formatu zaradi pandemije Covid-19. Trenutno je na voljo še manj kot 100 prostih mest za vse, ki vas zanima udeležba na dogodku. Zato vas prosimo, da pohitite in se prijavite na Biohackathon na tej povezavi. Registracija je brezplačna. V prijavnem obrazcu lahko poljubno izberete projekt, pri katerem bi radi sodelovali na Biohackathonu, z dolgega seznama privlačnih tem (tukaj lahko preverite seznam projektov).

ELIXIR podpira odkrivanje vzročnih genov pri rakavih mutacijah

Raziskovalci Laboratorija za biomedicinsko genomiko na inštitutu IRB v Barceloni (ELIXIR Španija) so identificirali 568 genov, ki povzročajo onkogene mutacije pri 66 vrstah raka. Rezultate raziskave so vnesli v podatkovno zbirko OncoGenomics platform (IntOGen), ki je namenjena za identifikacijo vzročnih genov pri rakavih mutacijah. Rezultate so prav tako objavili v ugledni mednarodni reviji Nature Reviews Cancer.

Spletni seminar (webinar) ELIXIR

spletni seminar

Spletni seminar (webinar) ELIXIR Training Platform resources & services for Communities je namenjen članom vseh skupnosti ELIXIR, ki bi radi sodelovali pri razvoju tečajev in materialov za učenje. Dogodek bo potekal v sredo, 9. septembra 2020, 12:00-13.00 CEST preko sistema Zoom.

Voditelji seminarja bodo predstavili udeležencem, kako lahko prispevajo k platformi ELIXIR za usposabljanje (ELIXIR Training Platform) in uporabljajo njene storitve. Prav tako bodo predstavili učinek usposabljanja, najboljšo metriko za merjenje učinka, in strategije za optimizacijo usposabljanja.

Na dogodek se lahko prijavite na tej povezavi.

Preberite še kaj smo o izobraževanju zapisali na naši strani ELIXIR-SI.

1+MG raziskava o naboru genomskih podatkov

Z evropsko pobudo 1+ Million Genomes (1+MG) želijo ugotoviti, kateri nabori genomskih podatkov in ustrezne fenotipske / klinične informacije so že na voljo v sodelujočih državah ter identificirati ovire pri izmenjavi podatkov.

Raziskava je na voljo na povezavi. Rezultati raziskave bodo uporabljeni za razvoj tehničnih in političnih rešitev.