Mikrobiološka skupnost ELIXIR (Microbial Community) se ukvarja z razvojem orodij za analizo in načrtovanje mikrobnih procesov. Orodja, ki so jih razvili raziskovalci iz skupnosti, so sedaj na voljo v orodjarni Galaxy za sintetično biologijo in metabolni inženiring. Skupnost pripravlja tudi novo implementacijsko študijo o uporabi podatkovnih nizov FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) v smiselnih matematičnih modelih.