Bioinformatika
Nacionalno podatkovno vozlišče
Pobuda strokovne skupine za upravljanje raziskovalnih podatkov (RDM).
Nudimo pomoč pri številnih različnih delih dejavnosti upravljanja podatkov in skrbništva nad podatki:
- spodbujanje FAIR upravljanja podatkov iz področij ved o življenju,
- priprava načrta upravljanja podatkov (DMP),
- spremljanje izvajanja DMP,
- upravljanje podatkov, vključno z analizo podatkov za vse vrste raziskovalnih podatkov
- FAIRifikacija podatkov
- RDM in DMP usposabljanje
Vse aktivnosti so v skladu s strategijo odprte znanosti in načeli FAIR.
Za več informacij nas kontaktirajte na
Storitve:
Za pomoč in dostop do storitev izpolnite spodnji obrazec za informativne storitve:
1. Nacionalni arhiv raziskovalnih podatkov / osrednja shramba
- za podatke iz različnih področij ved o življenju
- v sodelovanju z drugimi komplementarnimi infrastrukturami
- https://cloud.elixir-hpc.si
2. Osrednja omrežna RIKT oprema
3. Računska gruča (CPU in GPU)
- HPC, ki ga sestavljajo CPU vozlišča z 256 jedri in GPU vozlišča NVIDIA A100 80G
European Genome-phenome Archive (EGA)
EGA je storitev za trajno arhiviranje in deljenje osebnih genetskih in fenotipskih podatkov. Gre za distribuirano storitev, ki omogoča deljenje in izmenjavo podatkov čez državne meje.
Vsaka sodelujoča država ima svoj Local-EGA, lokalne (državne) EGA pa medsebojno povezuje osrednji EGA (Central / Main EGA). Nekateri Local-EGA so že vzpostavljeni, npr. v nordijskih državah. ELIXIR-SI postavlja nacionalni Local-EGA, ki je financiran iz nacionalnega infrastrukturnega projekta ELIXIR-SI RI-SI-2. Slovenski Local-EGA bo polno operativen 2024, prva različica pa bo predvidoma dostopna že konec leta 2023.
Local-EGA je nacionalna zbirka občutljivih osebnih podatkov, ki so rezultat -omskih (-omics) analiz. Local-EGA vam omogoča, da shranite občutljive podatke v lokalne arhive in tako sledite nacionalnim smernicam za shranjevanje takšnih podatkov. Local-EGA omogoča tudi mednarodno izmenjavo metapodatkov, ki se nanašajo na podatke v lokalnih arhivih. Metapodatki se shranijo v osrednji EGA in so na voljo vsem, ki bi radi ponovno uporabili podatke, shranjene v drugih državah.
Uporabniki lahko dostopajo do izmenjanih metapodatkov preko glavnega portala EGA. Na portalu lahko uporabljajo iskalnik EGA za iskanje po podatkih, shranjenih v nacionalnih arhivih v sodelujočih državah. V Local-EGA lahko uporabniki najdejo in prenesejo informacije s pomočjo Local-EGI API, prav tako lahko vzpostavijo lastne storitve, ki temeljijo na dostopnih podatkih in uporabljajo Local-EGI API.
European Nucleotide Archive (ENA)
Evropski arhiv nukleotidov (ENA) je zbirka podatkov, ki jo vzdržuje EMBL-EBI. V arhivu so eksperimentalni delotoki, ki temeljijo na sekvenciranju nukleotidov. Delotoki v ENA običajno vključujejo izolacijo in pripravo vzorca, pridobitev rezultatov sekvenciranja z ustrezno napravo in bioinformatsko analizo rezultatov. Vse informacije iz delotokov so v ENA zapisane v podatkovnem modelu, ki pokriva vhodne informacije (vzorec, eksperimentalni načrt, nastavitev naprave za sekvenciranje), izhodne podatke iz naprave (rezultati sekvenciranja – reads, traces – in ocena kakovosti sekvence) in rezultate interpretacije (sestava genoma – assembly, mapiranje, funkcionalna anotacija). Do podatkov v ENA lahko dostopamo preko brskalnika z iskalnimi orodji in preko API. Prav tako lahko izvedemo prenos datotek s podatki velikega obsega.
ENA je del raziskovalne infrastrukture ELIXIR in je eden od temeljnih podatkovnih virov za ELIXIR (Core Data Resource).
Viri podatkov za ENA vključujejo vnose neobdelanih podatkov in sestavljenih sekvenc, anotacijo na osnovi sekvenciranja majhnega obsega, pridobljene podatke iz večjih evropskih centrov za sekvenciranje, ter izmenjavo informacij z organizacijo International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC). Predložitev podatkov o nukleotidnih zaporedij je zdaj obvezna pri objavi raziskovalnih rezultatov, prav tako jo zahtevajo ustanove za financiranje raziskav. Vnosi podatkov v ENA so lahko v različnih razredih in formatih. Aktualne spremembe storitev in razvoj arhiva lahko spremljamo na spletni strani ENA News in z vpisom na poštni seznam ENA.
1. Partnerji
UL MF
- Inštitut za biostatistiko in medicinsko informatiko
- Inštitut za biologijo celice
- IBKMG/CFGBC
UL FRI
2. Raziskovalna oprema
Raziskovalna oprema projekta ELIXIR-SI RI-SI-2 |  |
IJS
Stikalo Dell S4128T-ON, z 28x 10 Gb/s RJ 45 priključki in 2x 100Gb/s QSFP28 priključki, je namenjeno hitri povezavi med lokalno hrambo podatkov in strežnikom za lokalno obdelavo podatkov ter oddaljenimi sistemi za analizo.
ELIXIR infrastruktura na IJS vključuje dva strežnika za lokalno hrambo podatkov, vsak ima 20x 12 TB HDD in 4x 240 GB SSD, 1x 24 jederni CPU in 256 GB pomnilnika, ter hitro 100Gb/s mrežno povezavo, na katerih teče programska oprema Ceph Storage cluster. Vključuje tudi en strežnik za lokalno analizo podatkov (in posredovanje nalog na oddaljene in obstoječe strežnike), ki ima 1x 32 jederni CPU in 64 GB pomnilnika, 2x 800 GB SSD in 2x 4TB HDD, ter hitro 100Gb/s mrežno povezavo. Operacijski sistem na strežnikih je CentOS Stream.
Celotna infrastruktura je vključena v osrednji sistem instituta, kjer je dostopna kot podatkovno polje in računska vozlišča superračunalniškega sistema (oz. je mrežna oprema del te infrastrukture). Oprema je prednostno na voljo uporabnikom ELIXIR z IJS in konzorcija, uporablja pa se tudi kot del IJS infrastrukture (izkoriščenost 98%). Uporabniki ELIXIR lahko hkrati uporabljajo tudi podporno in sorodno infrastrukturo IJS, omogočamo pa jim tudi dostop in podporo preko Slovenskega nacionalnega superračunalniškega omrežja SLING na ekvivalenten način kot za gruče in podatkovna polja ARNES in HPC RIVR.
Primarno se oprema uporablja za evalvacijo novorazvitih metod strojnega učenja in njihovo uporabo na problemih iz medicine in znanosti o življenju. Gre za metode strojnega učenja iz dveh velikih skupin: metode za napovedno razrščanje in napovedovanje strukturiranih vrednosti in metode odkrivanja enačb za avtomatizirano modeliranje dinamičnih sistemov. S temi metodami, še posebej z metodami iz prve skupine, analiziramo različne vrste podatkov v kontekstu medicinske diagnostike in prognostike, modeliranja celičnih procesov in modeliranja aktivnosti spojin za virtualno presejalno testiranje spojin pri razvoju novih zdravil. Izpostaviti velja delo na analizi podatkov o pacientih s COVID-19 (ali sumom na to bolezen), kjer naloge diagnostike in prognostike naslavljamo v okviru projektnega sodelovanja s Kliničnim centrom v Ljubljani.
KI
(Arhiv raziskovalnih podatkov na UL MF)
Programska oprema FlowJo, namenjena predvsem za potrebe pretočne citometrije, ki bo delovala v okviru ELIXIR-SI, bo omogočala analizo in vizualizacijo eksperimentalnih podatkov.
Kako citirati FlowJo za objavo
Če želite v svojem prispevku citirati FlowJo™ ali SeqGeq™, uporabite te informacije (v skladu s smernicami za slog AMA):
V tekočem besedilu
“Kot smo ugotovili s pomočjo programske opreme FlowJo™, je 89 odstotkov celic vsebovalo to lastnost (1).” ali
“Rezultate pretočne citometrije smo analizirani s programsko opremo FlowJo™ v10.8 (BD Life Sciences)”
V referencah
- Programska oprema FlowJo™ (če je na voljo, dodajte – za Windows ali Mac) [programska aplikacija] Različica XXX. Ashland, OR: Becton, Dickinson and Company; 2021.
Visoko zmogljivi 4U strežnik (2x AMD EPYC Rome, 8x A100 NVIDIA GPU, 2 TB RAM, 64 TB bruto SSD) omogoča hitro in paralelno analizo posnetkov iz krioelektronskega mikroskopa. Gre za slikovne podatke, ki so shranjeni na drugi opremi, zato so zelo pomembne hitre povezave in tudi dovolj začasnega delovnega SSD prostora na samem strežniku.
KIS
Lenovo CE0128TB omrežno stikalo ima 24 × 1 GB RJ-45 podatkovnih vhodov ter 4 × 1/10 GB SFP/SFP+ mrežni modul. Stikalo omogoča hitro mrežno povezljivost strežnika.
Srednje zmogljiv 2U strežnik Lenovo ThinkSystem SR650 (Xeon SP Gen 2) ima dva Intel Xeon Gold 6248R procesorja, vsak s 24-imi jedri (3.0 GHz), 256 GB delovnega spomina RAM (TruDDR4 2933 MHz RDIMM) ter diskovni sistem IBM FlashSystem 5030 Hybrid Flash System 64G-C, neto kapacitete 100 TB. Strojno opremo smo namestili in vključili v delovanje IT sistema KIS. Narejene so bile potrebne fizične in logične povezave med obstoječim sistemom in sistemom ELIXIR, ki omogočajo varno dostopanje uporabnikov. Zaradi hkratne uporabe več uporabnikov z različnimi zahtevami napram delovanju sistema je strežnik mogoče uporabljati preko nameščene virtualizacijske programske opreme, ki smo jo izgotovili z lastnimi sredstvi KIS.
Strežnik je namenjen intenzivni numerični in grafični obdelavi podatkov na LINUX platformi. Uporaba zajema izvajanje različnih bioinformacijskih delotokov, ki temeljijo na analizi velikih količin podatkov. Strežnik omogoča uporabniško-določeno namestitev bioinformacijskih delotokov z uporabo odprtokodnih bioinformacijskih programskih paketov. Tipične aplikacije so na področju genetike, genomike (obdelavo surovih podatkov sekvenciranja, zlaganja genomov in anotacije), pristopov natančnega kmetijstva in obdelave hiperspektralnih posnetkov (obdelava slik, izračun modelov strojnega učenja in klasifikacija podatkov).
NIB
Omrežno stikalo Cisco Catalyst 9500 s 24-imi podatkovnimi vhodi (1/10/25G) in 4x 40/100G mrežnim modulom bo omogočalo hitro povezljivost strežnika za prenos velikih količin podatkov.
Računalniški strežnik ProLiant DL385 Gen10 Plus Server ima AMD EPYC 7452 procesor (64 jeder), 640 GB delovnega spomina spomina, 52 TB diskovnega prostora (RAID6) in grafično kartico NVIDIA Quadro RTX4000.
Strežnik ima namesceno programsko opremo primarno namenjeno za analizo zaporedij ter analizo in obdelovanje transkriptomskih podatkov visoko zmogljivih tehnologij (predvsem Illumina ter Nanopore tehnologij). Nabor programov in s tem možnosti se pa tudi ves čas posodablja glede na potrebe raziskovalcev.
Lokacija: NIB
UL BF
Omrežno stikalo Cisco Catalyst 9200C s 24-imi podatkovnimi vhodi in 4×10 G mrežnim modulom bo omogočalo hitro povezljivost strežnika ob predvideni načrtovani nadgradnji mrežne povezave.
Računalniški strežnik HPE ProLiant DL385 Gen10 Plus Server ima dva AMD EPYC 7702 procesorja, vsak s po 64-imi jedri, 1 TB delovnega spomina (DDR4-3200) in 64 TB diskovnega prostora, ki v RAID5 konfiguraciji omogoča dostop do 48 TB prostora. V letu 2021 smo s sredstvi programske skupine P4-0077 server nadgradili z dvema NVIDIA grafičnima procesorja Quadro RTX 6000 za potrebe bioinformatskih aplikacij pospešenih z GPU.
Strežnik je dostopen zainteresiranim raziskovalcem. Na njem je nameščena programska oprema Qiagen CLC Genomics Server, ki preko dveh licenc Qiagen CLC Genomics Workbench paketa (nakupljeno preko sredstev programskih skupin P4-0077 in P4-0220) omogoča centralizirano izvajanje zahtevnih bioinformatskih delotokov na strežniku. Poleg tega so na njem nameščeni standardni odprtokodni bioinformatski programski paketi.
UL FRI
Omrežno stikalo bo omogočalo povezljivost strežnika z oddaljenimi sistemi in hiter prenos velike količine podatkov za analizo.
Opremo bomo uprabljali za različne namene. V primeru analize velike količine podatkov z algoritmi, ki vsebujejo rekurzivne klice, kompleksnejše statistične mere in zapletenim tokom podatkov bomo uporabljali strežnik za lokalno začasno hrambo in lokalno analizo podatkov. V primeru manj kompleksnega toka računskih operacij nad podatki v obliki tenzorjev bomo uporabljali za to namenjen GPU sistem.
Platformo bomo uporabljali za izvajanje paraleliziranih simulacij programabilne evolucije celičnih populacij. V okviru teh raziskav proučujemo različne možnosti za evolucijo različnih logičnih funkcij. Ker je določanje optimalnih vrednosti parametrov za doseganje konvergence časovno zelo potratno, bo paralelizacija simulacij in izvajanje teh na novi platformi omogočilo bolj temeljito preiskovanje prostora dopustnih rešitev.
Opremo bomo uporabili tudi za hitrejše preiskovanje kodov, ki vsebujejo daljše kodne besede. Nedavno je bil izveden biološki delovni pomnilnik, ki za naslavljanje uporablja kode brez prekritij. Ena izmed ključnih težav, na katero so pri izvedbi naleteli, je bila, kako generirati kod z veliko razmaknjenostjo, ki bo vseboval čim večje število kodnih besed in bo v izvedbi v DNA tudi stabilen. Naš cilj je čim bolje okarakterizirati kode, ki bi bili primerni za tako izvedbo. Ker število vseh kodov brez prekritij nad znano abecedo narašča eksponentno z dolžino kodnih besed, potrebujemo za sistematično preiskovanje prostora veliko računsko moč.
Poleg tega bomo opremo uporabljali za inferenco Boolovih predstavitev gensko regulatornih omrežij. Za izpeljavo Boolovih omrežij iz ekspresijskih podatkov je bilo predlaganih veliko računsko zahtevnih metod, vendar nad temi metodami še ni bila izvedena zadostna primerjava in validacija. Na platformi bomo poganjali metode za izpeljavo Boolovih opisov gensko regulatornih omrežij, kar nam bo omogočilo celostno primerjavo nad velikimi gensko regulatornimi modeli.
UL VF
Omrežno stikalo bo omogočalo povezljivost strežnika z oddaljenimi sistemi (Arhiv raziskovalnih podatkov znotraj podatkovnega vozlišča ELIXIR-SI) in hiter prenos velike količine podatkov za analizo.
Računalniški strežnik HPE ProLiant DL385 Gen10 Plus ima dva AMD EPYC 7702 procesorja, vsakega s po 64 jedri, 1 TB delovnega spomina (DDR4-3200) in 64TB diskovnega prostora, ki redundantni konfiguraciji omogoča dostop do 48TB prostora. Strežnik je namenjen lokalni (začasni) hrambi in analizi podatkov.
UL MF (LJ) in UL VF (MB)
1. Osrednja omrežna RIKT oprema omogoča hitro redundantno 100Gbps povezavo med obema lokacijama (Ljubljana in Maribor) osrednje RIKT opreme vozlišča ELIXIR-SI (stikala Mellanox 3700). Povezava poteka preko nacionalne omrežne hrbtenice Arnes, preko katere je vzpostavljena tudi povezava do superračunalniške infrastrukture doma in v tujini (evropska mreža ELIXIR).
2. Osrednja shramba in računska gruča tvorita osrednji del nacionalnega podatkovnega vozlišča ELIXIR-SI.
Shramba je namenjena hrambi raziskovalnih podatkov s področja ved o življenju, v skladu z načeli FAIR (Arhiv raziskovalnih podatkov). V shrambi se vzpostavljajo tudi ostale podatkovne storitve, skladne z evropsko mrežo ELIXIR, kot je npr. arhiv Federated EGA (FEGA). Shrambo tvori osem vozlišč, enakomerno razporejenih na obeh lokacijah (trenutno bruto cca. 2PB “počasnejšega” diskovnega prostora in 0,5PB hitrega diskovnega prostora).
Računska gruča je namenjena predvsem za testiranje in razvoj bioinformatskih algoritmov in algoritmov strojnega učenja za analiziranje podatkov v obliki delotokov ter za analizo in obdelavo podatkov, generiranih na laboratorijski opremi partnerjev ELIXIR-SI in ostalih raziskovalcev s področja ved o življenju. Računsko gručo tvorijo CPU vozlišča (vsako 128 jeder/256 niti in 1TB RAM) in GPU platforma s karticami Nvidia A100 80GB s hitrimi NVMe diski. Strežniki so smiselno razporejeni na obeh lokacijah osrednje RIKT opreme.
Skrbnik opreme središča ELIXIR na lokaciji v Ljubljani: doc. dr. Brane Leskošek. Kontakt: elixir@mf.uni-lj.si.
Skrbnik opreme RIKT središča ELIXIR na lokaciji Maribor: Jan Gojznikar. Kontakt: elixir.mb@mf.uni-lj.si
UM
(Arhiv raziskovalnih podatkov na UL MF)
Raziskovalno IKT opremo na UM sestavljata zelo zmogljiv aplikacijski strežnik z dvema AMD EPYC 7402 24-Core procesorjema in 264 GB delovnega spomina, kar omogoča računanje kar na 96 procesorskih nitih in s tem zelo hitre ter učinkovite izračune, in Storage diskovni sistem za shranjevanje. Trenutno nameščena programska oprema omogoča določanje molekularnih mehanizmov antioksidativnega, protimikrobnega ter antikarcinogenega delovanja spojin z uporabo kvantno-mehanske izračunov, simulacij molekulske dinamike in izračunov molekulskega sidranja, prav tako pa omogoča načrtovanje zdravilnih učinkovin. Nabor programov in s tem možnosti se ves čas posodablja. Dodatni Storage diskovni sistem omogoča hrambo večje količine podatkov, tako za eksperimentalne podatke, pridobljene z ostalimi aparaturami, kot tudi shranjevanje računskih rezultatov, pridobljenih na IKT sistemu.
Z izračuni molekulske dinamike lahko določamo časovno odvisne spremembe v strukturi proteinov, ali pa določamo, kako bi lahko majhna sprememba v aminokislinskem zaporednju vplivala na zvitje in s tem povezavo z boleznimi. Trenutno ugotavljamo, ali in kako sprememba ene amino kisline v proteinu HDAC7 vpliva na zvitje in s tem povezavo z multiplo sklerozo. Prav tako smo z uporabo računalniškega IKT sistema in inverznega molekulskega sidranja razvili metodo za določevanje prstnih odtisov različnih že znanih zdravilnih učinkovin (Inverse Docking Fingerprinting) za beljakovine iz družine Coronaviridae (med drugim tudi SARS-CoV-2 – Covid19), zdaj pa je namen metodo uporabiti tudi za druge znane bolezni in za večji nabor zdravil.
Sistem se uporablja za računske eksperimente tako z naravnimi spojinami kot tudi že obstoječimi zdravili. V nadaljevanju je namen še povečati število uporabnikov, prav tako pa razširiti nabor dostopne programske opreme, da najdemo rešitev za vsako težavo.
Lokacija: FKKT UM
Raziskovalna oprema projektov ARIS |  |
UL MF
- Paket 18: Zagonska računalniška gruča in diskovno polje za Arhiv raziskovalnih podatkov UL MF (ARM)
- Paket 21: Sistem za virtualizacijo in varnostne preslikave raziskovalne gruče ELIXIR-SI HPC na UL MF
- Več o raziskovalni opremi UL MF je na voljo preko spletišča IBMI / Središča ELIXIR-SI
Bio.tools – register orodij ELIXIR
Ključne znanstvene in tehnične informacije o programskih orodjih, podatkovnih zbirkah in storitvah za bioinformatiko in vede o življenju.
3. Bioinformatske in podatkovne storitve vključujejo:
- infrastrukturo za dolgoročno upravljanje in arhiviranje podatkov,
- analizo podatkov,
- integracijo podatkov
- interoperabilnost in upravljanje s podatki
- podatkovne storitve v oblaku,
- visoko-zmogljivostne računalnike (HPC)
- najnovejšo programsko oprema za bioinformatiko
a) Splošne aktivnosti
IJS
- JSI-DKT is a founding member of the Centre of excellence for Integrated Approaches in Chemistry and Biology of Proteins (CIPKeBiP).
- Through CIPKeBiP, we have access to a high-performance computing cluster, named Lutetia.
- The cluster is composed of two master servers and forty-four computing servers (with a total of 1000 cores and 8TB of RAM), a disk subsystem (with a total of 24TB of hard disk drives), and ancillary equipment.
- The cluster is extensively used for research related to ELIXIR topics.
- We also use the resources offered by the Slovenian national supercomputing network (SLING).
- The department owns a number of smaller storage/computing servers, with 128 cores and 64 cores+4 GPUs, which are also partly used for research related to ELIXIR topics.
NIB
- Eksperimentalni načrt za visokorazsežne eksperimente
- Upravljanje s podatki skladno s principi FAIR za napredne analize
- Statistične in bioinformatske analize omskih podatkov
- Sodobna vizualizacija podatkov
- Razvoj različnih analitičnih poti za obdelavo podatkov
UKCLJ KISLD
- zmogljivejši sistemi za obdelavo podatkov (bioinformatska analiza genomskih podatkov, vizualizacija podatkov, razvoj analitičnih poti).
UL BF
- Programski paketi CLC Genomics Workbench (dve licenci),
- CLC Genomics Server za bioinformatske analize,
- BLAST2GO ukazna vrstica,
- Codon Code Aligner
- Statistične in bioinformatske analize genomskih in transkriptomskih podatkov
UL MF IBMI
- vzpostavitev Nacionalnega arhiva raziskovalnih podatkov
- vzpostavitev Nacionalne genomske raziskovalne infrastrukture
- upravljanje s podatki (varno in zanesljivo shranjevanje podatkov skladno s principi FAIR, dinamično arhiviranje)
- načrtovanje, gradnja in vzdrževanje raziskovalnih in kliničnih registrov
- dostop do (virtualnih) orodij za analizo
- načrtovanje in izdelava bioinformatskih analiz, predvsem
avtomatiziranje osnovnih analiz in priprava podatkov za napredne analize - razvoj metod in orodij za e-učenje (spletne učilnice, elektronska preverjanja znanja in izdaja certfikatov, e-izpiti, napredni tečaji (v povezavi z IKT infrastrukturo, ELIXIR-SI ali UL MF))
- koordinacija zgornjih storitev pri projektih, kjer UL MF sodeluje kot partner ali koordinator
UL MF CFGBC
- statistične in bioinformatske analize transkriptoma
- eksperimentalni načrt za -omske analize
- sistem za označevanje in sledenje laboratorijskih vzorcev (kreiranje, tiskanje in branje kod QR) ter shranjevanje podatkov o vzorcih (relacijske podatkovne zbirke)
UL VF
- program za analizo rezultatov genotipizacije BioNumerics 7.6 (Applied Maths)
- program za bioinformatske analize Geneious
UM
- računalniško načrtovanje zdravilnih učinkovin
- inverzno molekulsko sidranje naravnih spojin
- simulacije molekulske dinamike
- prosto-energijski izračuni
b) Raziskovalna orodja in storitve
Biomine Explorer
Biomine Explorer je spletna aplikacija za odkrivanje povezav in interaktivno raziskovanje v bioloških podatkovnih bazah. Zgrajena je na osnovi sistema Biomine, ki integrira navzkrižne reference iz več bioloških baz podatkov v veliko heterogeno probabilistično omrežje. Biomine Explorer ponuja uporabniku prijazne vmesnike za iskanje, vizualizacijo, raziskovanje in manipulacijo, kot tudi javno in zasebno shranjevanje odkritih podomrežij z trajnimi povezavami, primernimi za vključitev v znanstvene publikacije.
Povezava do storitve: Biomine Explorer
dictyExpress
dictyExpress je spletna aplikacija za pridobivanje in analizo podatkov o izražanju genov, zbranih iz socialne amebe Dictyostelium. Gre za največje in najbolj uporabljano skladišče podatkov o izražanju genov v Dictyosteliumu, ki je temeljito referencirano iz dictyBase, domače strani genoma organizma.
Povezava do storitve: dictyExpress
DiNAR
DiNAR je uporabniku prijazna aplikacija za zaznavanje skritih vzorcev dinamike signalizacije rastlin z metodami analize omrežij. Dodatne aplikacije, kot je pomoč uporabniku za pripravo in predobdelavo omrežja, so tudi na voljo na strani projekta. Tri glavne funkcije DiNARa so: dinamična vizualizacija kompleksnih in večfaktorskih poskusov, prepoznavanje močnih diferencialnih interakcij in zaznavanje latentnih učinkov prisotnih v kompleksnih eksperimentalnih pogojih. Primarni namen aplikacije je pomoč pri razkrivanju skritih vzorcev dinamike signalizacije rastlin, vendar se pristop lahko razširi na katero koli omrežje določenega uporabnika v kombinaciji z eksperimentalnimi nabori podatkov (transkriptomika, proteomika, metabolomika, …).
Vodstvo: NIB
Povezava do storitve: DiNAR
ELIXIR-SI eLearning Platform (EeLP)
ELIXIR-SI širi in bogati zbirko orodij za bioinformatske in podatkovne storitve ter laboratorijske storitve v sodelovanju z drugimi nacionalnimi in
mednarodnimi partnerji ELIXIR.
Ekipa za e-učenje ELIXIR-SI vodi e-učenje v okviru ELIXIR platforme za izobraževanje:
- Razvoj platforme za e-učenje ELIXIR-SI (EeLP) z zelo priznanimi tečaji ELIXIR v zadnjih letih:
- Unix / Linux vadnica za začetnike (v več ponovitvah);
- ELIXIR-EXCELERATE HPC tečaj Train-the-Researcher;
- Sestavljanje in anotiranje genomov (v več ponovitvah).
- Upravljanje podatkov / vodenje podatkov (v več ponovitvah).
- Razvoj visokokakovostnih tečajev izobraževanja na osnovi e-učenja v sodelovanju
z drugimi vozlišči ELIXIR in RD-Connect na področju redkih bolezni. - Razvijanje povezave Cloud in HPC z EeLP.
- Linux terminal vgrajen v EeLP se zdaj rutinsko uporablja v tečajih e-učenja ELIXIR.
- Kontejnerski strežniki Galaxy za usposabljanje študentov, metagenomika in sestavljanje genomov ter podpora za anotacijo.
GoMapMan
GoMapMan je spletni, odprto dostopni vir za genske funkcionalne anotacije na področju rastlinskih ved. Obstajajo tri podprogrami – protein.gomapman.org, meta.gomapman.org in srna.gomapman.org. Z uporabo ontologije rastlin MapMan so opisani kodirajoči geni, metaboliti in male RNK.
Vodstvo: NIB
Povezava do stortive: GoMapMan
Grohar
Grohar predstavlja odprtokodno računalniško orodje, osredotočeno na analizo, vizualizacijo in usklajevanje metabolnih modelov na ravni genoma (GEMs). Grohar ponuja enostaven grafični vmesnik, ki uporabniku omogoča izvajanje različnih vrst COBRA analiz brez potrebe po programerskih veščinah. Poleg tega Grohar omogoča avtomatsko identifikacijo posameznih metabolnih poti (iz datotek KEGG ali SBML) znotraj GEM omrežja.
Vodstvo: UL-FRI
Povezava do storitve: Grohar
Orange
Orange Data Mining je odprtokodno orodje za strojno učenje in vizualizacijo podatkov, ki ponuja interaktivne vizualizacije in vizualno programiranje za gradnjo analitičnih potekov podatkov. Vključuje velik nabor orodij, ki podpirajo predobdelavo podatkov, gručenje, klasifikacijo, analizo korelacij, konstrukcijo in analizo omrežij ter evalvacijo modelov. Nekateri njegovi dodatki so posebej zasnovani za analizo biomedicinskih podatkov in dostop do javnih biomedicinskih podatkovnih repozitorijev.
Vodstvo: UL-FRI
Povezava do storitve: Orange
pISA-tree
pISA-tree je rešitev za interoperabilnost in upravljanje s podatki, s primarnim namenom omogočanja ponavljivosti raziskav in analiz. Hierarhični nabor batch datotek (v operacijskem sistemu Windows) omogoča enostavno ustvarjanje standardnega podatkovneg drevesa za raziskovalne projekte. Drevesno strukturo s standardiziranimi ugnezdenimi mapami je mogoče ustvariti pred ali aktivno med razvojem in rastjo projektov. pISA-tree, v skladu z okvirom ISA-tab in načeli FAIR, je funkcionalni podporni sistem projektov z zmerno količino podatkov. Dva dopolnilna R-paketa sta na voljo uporabnikom: pisar kot R-podpora za drevo pISA in seekr kot R-vmesnik z SEEK API-jem. seekr povezuje pISA-tree projektne mape z odprtokodno spletno platformo FAIRDOMHub za izmenjavo sredstev znanstvenega raziskovanja.
Vodstvo: NIB
Povezava do storitve: pISA-tree
quantGenius
QuantGenius je spletni, odprto dostopni vir za organizacijo in analizo podatkov qPCR. Zasnovan je kot potek, ki uporabnika vodi skozi korake nadzora kakovosti in izračuna. Vgrajen sistem podpore za odločanje na podlagi nadzora kakovosti, omogoča zanesljivo določanje količine nukleinskih kislin.
Vodstvo: NIB
Povezava do storitve: quantGenius
scOrange
Single Cell Orange je izpeljanka orodja za rudarjenje podatkov Orange, posebej zasnovana za analizo podatkov scRNA. Poleg standardne analize podatkov vključuje komponente za nalaganje več vzorcev podatkov, odkrivanje genskih markerjev, ocenjevanje celic na podlagi markerjev, odstranjevanje učinka serij, usklajevanje podatkov, analizo gruč ter analizo obogatitve genskih nizov. Vsi prikazi v scOrange so interaktivni in podpirajo raziskovalno analizo podatkov, ki ne zahteva poznavanja programiranja.
Vodstvo: UL-FRI
Povezava do storitve: scOrange
ViDis
ViDis predstavlja spletno platformo za gradnjo in deljenje diagnostičnih ter drugih kliničnih algoritmov. ViDis ponuja enostaven spletni vmesnik, ki omogoča funkcionalnosti širokemu krogu uporabnikov, torej zdravnikom in kliničnim strokovnjakom, raziskovalcem in nazadnje tudi pacientom.
Vodstvo: UL-FRI
BITOLA – Biomedical Discovery Support System
BITOLA je interaktivni sistem za podporo biomedicinskim odkritjem. Namen sistema je pomagati biomedicinskim raziskovalcem do novih odkritij z odkrivanjem novih odnosov med biomedicinskimi koncepti. Nabor konceptov trenutno vsebuje MeSH (Medical Subject Heading), ki se uporablja za indeksiranje Medline, in človeške gene HUGO. Potencialno nova razmerja so odkrita z rudarjenjem podatkovne baze Medline.
Vodstvo: UL-MF
ClowdFlows
ClowdFlows je odprtokodna platforma v oblaku za sestavljanje, izvajanje in skupno rabo interaktivnega strojnega učenja in delotokov podatkovnega rudarjenja. Temelji na načelih storitveno usmerjenega odkrivanja znanja in vključuje interaktivne znanstvene poteke dela. V nasprotju s primerljivimi platformami za podatkovno rudarjenje ClowdFlows deluje v vseh večjih spletnih brskalnikih in platformah. ClowdFlows omogoča raziskovalcem preprost način, da razkrijejo in delijo svoje delo in rezultate, saj sta za dostop do poteka dela od koder koli potrebna le internetna povezava in spletni brskalnik. Strokovnjaki lahko uporabljajo ClowdFlows za brezhibno integracijo in združevanje različnih izvedb algoritmov, orodij in spletnih storitev v skladen potek dela, ki se lahko izvaja v aplikaciji v oblaku. ClowdFlows je tudi enostavno razširljiv med izvajanjem z uvozom spletnih storitev in njihovo uporabo kot nove komponente poteka dela.
Vodstvo: IJS
Povezava do storitve: ClowdFlows
ENZO
ENZO je spletno orodje za enostavno izdelavo in hitro testiranje kinetičnih modelov encimsko kataliziranih reakcij.
Orodje lahko uporabi vsak zainteresirani raziskovalec za učinkovito testiranje in vrednotenje različnih kinetičnih modelov za dano encimsko katalizirano reakcijo.
Namestitev ali registracija nista potrebna. Deluje na katerem koli operacijskem sistemu s sodobnim spletnim brskalnikom.
Vodstvo: KI
Povezava do storitve: ENZO
SegMine
SegMine je zmogljiva metodologija za semantično analizo transkriptomskih podatkov. Ponuja izboljšano ustvarjanje hipotez in interpretacijo podatkov za znanstvenike na področju življenja. SegMine uporablja odkrivanje semantičnih podskupin za izdelavo podrobnih pravil, ki identificirajo obogatene genske nize, in odkrivanje povezav za ustvarjanje in vizualizacijo novih bioloških hipotez.
Vodstvo: IJS
Povezava do storitve: SegMine
ProBiS
ProBiS strežnik je namenjen napovedovanju vezavnih mest na proteinih, ki jih najde prek iskanja lokalno strukturno podobnih proteinov v PDB (Protein Data Bank) bazi.
Vodstvo: KI
Povezava do storitve: ProBiS
