ELIXIR Evropa
ELIXIR je medvladna organizacija, ki z ustrezno infrastrukturo povezuje in nadgrajuje obstoječe podatkovne vire in storitve v Evropi. Sledi modelu “središča in vozlišč”. Središče ELIXIR se nahaja v Hinxtonu, (Cambridge, Velika Britanija), nacionalna vozlišča pa v Centrih odličnosti po vsej Evropi. Vlade in ministrstva držav so članice konzorcija ELIXIR, znanstvena skupnost v vsaki državi članici pa razvija svoje nacionalno vozlišče.
ELIXIR Slovenija
ELIXIR Slovenija (ELIXIR-SI) je slovensko vozlišče ELIXIR, ki ga koordinira Univerza v Ljubljani, oz. v njenem imenu Medicinska fakulteta. Člani ELIXIR-SI so, poleg drugih članic Univerze v Ljubljani (Biotehniške fakultete, Fakultete za računalništvo, Veterinarske fakultete), še mnoge druge vodilne slovenske raziskovalne organizacije, ki so podpisale Sporazum o delovanju slovenskega vozlišča.
ELIXIR-SI aktivno nadgrajuje obstoječo oz. vzpostavlja novo infrastrukturo v slovenskem raziskovalnem prostoru preko treh stebrov:
- nacionalna infrastruktura za pridobivanje visokogostotnih podatkov s pomočjo laboratorijskih visokozmogljivostnih tehnologij (genomske tehnologije),
- osrednje nacionalno podatkovno vozlišče za področje ved o življenju ter
- središče za izobraževanje in usposabljanje na področju ved o življenju za uporabo bioinformatskih orodij, analiz in storitev.
Nadgradnja je bila financirana s pomočjo sredstev Evropskega sklada za regionalni razvoj in MIZŠ. Financiranje se je zaključilo sredi leta 2021.
Upravljanje ELIXIR-SI
Vodja vozlišča ELIXIR-SI:
Brane Leskošek
kontakt: elixir@mf.uni-lj.si
Predsednik Upravnega odbora:
Marko Cotman
ELIXIR-SI znanstveno posvetovalni odbor
Anne-Francoise Adam-Blondon (Francija)
Bengt Persson (Švedska)
Nils Peder Willassen (Norveška)
Upravni odbor (UO) ELIXIR-SI:
Partnerji ELIXIR-SI in člani Upravnega odbora ELIXIR-SI
ARNES
Akademska in raziskovalna mreža Slovenije (ARNES) je javni zavod, ki nudi mrežne storitve raziskovalnim, izobraževalnim in kulturnim organizacijam ter jim omogoča vzpostavitev povezav in sodelovanja med seboj in s sorodnimi organizacijami v tujini.
Arnes kot član GEANT-a vzdržuje nacionalno e-infrastrukturo za raziskovalno in izobraževalno skupnost, saj ponuja svoje storitve v oblaku ter storitve, vključno z računskimi in pomnilniškimi viri, orodji za videokonference in sodelovanje.
Arnes koordinira tudi slovenski konzorcij za HPC, distribuira računalništvo z visokim pretokom in odprte znanstvene podatke (SLING) ter upravlja nacionalno zvezo za overjanje in avtorizacijo ArnesAAI (član EduGAIN), da pomaga uporabnikom pri storitvah in virih dostopa do R&E.
Institut Jožef Stefan (IJS)
Poslanstvo Instituta je v ustvarjanju, širjenju in prenosu znanja na področju naravoslovnih in tehniških znanosti ter znanosti o življenju.
Institut izvaja vrhunske raziskave in razvoj tehnologij, kot so nanotehnologije, novi materiali, biotehnologije, tehnologije vodenja in proizvodnje, komunikacijske tehnologije, računalniške tehnologije in tehnologije znanja, okoljske tehnologije in reaktorske tehnologije.
Kmetijski inštitut Slovenije (KIS)
Kmetijski inštitut Slovenije je vodilna raziskovalna inštitucija na področju kmetijstva v Sloveniji. Celovito se ukvarja s problematiko sodobnega kmetijstva ter širi svoje delovanje na področje varstva okolja in ekologije.
Kmetijski inštitut Slovenije je javni raziskovalni zavod, ki izvaja temeljne, uporabne in razvojne raziskave ter strokovne naloge v kmetijstvu, objavlja rezultate znanstveno-raziskovalnega, strokovnega in kontrolnega dela, opravlja naloge na podlagi pooblastil in akreditacij, preverja kakovost kmetijskih pridelkov in izdelkov, ki se uporabljajo v kmetijstvu.
Kemijski inštitut (KI)
Kemijski inštitut je druga največja raziskovalna organizacija na področju naravoslovja v Sloveniji.
Raziskovalci inštituta izvajajo temeljne in aplikativne raziskave v kemiji in sorodnih področjih, pri čemer posvečajo veliko pozornost uporabni znanosti in sodelovanju z gospodarstvom.
Nacionalni inštitut za biologijo (NIB)
Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano (NLZOH)
Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) je osrednji in največji slovenski javnozdravstveni laboratorij, ki se ukvarja s problematiko varovanja okolja, diagnostično in javnozdravstveno mikrobiološko dejavnostjo, kemijskimi in mikrobiološkimi analizami različnih vrst vzorcev ter z raziskovalno dejavnostjo.
V laboratoriju opravljamo storitve za potrebe države, predvsem za potrebe spremljanja javnozdravstvenih dejavnikov ter uradnih in inšpekcijskih nadzorov iz pristojnosti Ministrstva za zdravje, Ministrstva za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano, Ministrstva za okolje in Ministrstva za obrambo.
Svoje storitve ponujamo tudi naročnikom na prostem trgu. V sodelovanju z drugimi ustanovami v Sloveniji in tujini sodelujemo pri nacionalnih in mednarodnih raziskovalnih, aplikativnih in svetovalnih projektih.
Univerza v Ljubljani (UL)
Univerza v Ljubljani (UL) je najstarejša in največja visokošolska in znanstveno raziskovalna ustanova v Sloveniji. Znana je po kakovostnih družboslovnih, naravoslovnih in tehničnih študijskih programih, strukturiranih v skladu z Bolonjsko deklaracijo.
Institucije, ki sodelujejo v UL v ELIXIR-SI, so:
- Središče ELIXIR-SI (koordinator: BEE)
Nacionalni arhiv genomskih in povezanih kliničnih podatkov
je del EGA
vključuje interni Arhiv UL MF
- Laboratorij za posameznocelične analize (LePA) na UL MF
- Osrednji laboratorij za visokozmogljivostne genomske tehnologije v Mariboru (ELIXIR-SILVR)
- CFGBC IBK
- Laboratorij za splošne molekularno biološke tehnike ter za sesalske in bakterijske celične kulture
- Laboratorij za visokozmogljivostne transkriptomske in genomske analize
- CFGBC laboratoriji so registrirani za:
- Genetsko spremenjene organizme varnostne stopnje 1 (GSO-1)
- Genetsko spremenjeni organizmi varnostne stopnje 2 (GSO-2) in biološke varnostne stopnje 2 (BSL-2) v procesu certificiranja
- Središče ELIXIR-SI (koordinator: BEE)
- Oddelek za zootehniko
- Oddelek za biologijo
- Oddelek za živilstvo
- Oddelek za agronomijo
Univerza v Mariboru (UM)
Univerzitetni klinični center Ljubljana (UKCLJ)
Univerzitetni klinični center Ljubljana je največja zdravstvena ustanova v Sloveniji in eden pomembnih gonilnikov biomedicinskih raziskav v regiji.
UKCLJ skrbi za zdravstveno varstvo, izobraževanje in raziskave ter je zavezan k zagotavljanju varne, visokokakovostne in standardizirane oskrbe pacientov.
Enote:
- Oddelek za genomiko
- Enota za molekularno genetiko
- Enota za NGS
- Enota za bioinformatiko
- Enota za molekularno genetiko
- Oddelek za citogenetiko
- Celični laboratorij
- Enota za analize kariotipov in FISH
- Biobanka
- Ambulanta za klinično genetiko
Smo:
- Skrbniki nacionalne kontaktne točke za redke bolezni
- Skrbniki slovenskega registra redkih bolezni
Univerzitetni klinični center Ljubljana (UKCL)/Klinični oddelek za revmatologijo
UKCL je največja javna zdravstvena ustanova v Sloveniji, ki ponuja diagnostiko in terapijo ter promovira klinične raziskave in izobraževanje s ciljem spodbujanja inovativnega/uporabnega znanja v korist bolnikov. Nacionalni raziskovalni program z naslovom »Sistemske avtoimunske bolezni« (#P3-0314) na Kliničnem oddelku za revmatologijo in v Imunološkim laboratoriju predstavlja dinamično okolje za raziskovanje vnetnih revmatskih bolezni z multidisciplinarnimi pristopi. V prihodnosti bodo naše raziskave usmerjene k novim tehnologijam, kot so posameznocelično sekvenciranje RNA in prostorsko pozicioniranje, z namenom odražanja naše širše strategije za celovito razumevanje celične/tkivne funkcionalne organizacije in patofiziologije, ki zagotavlja vpogled v mehanizme/procese bolezni in nove terapije.
