Projekti

ELIXIR-SI projects

INFRASTRUKTURNI PROJEKT ELIXIR-SI RI-SI-2

Konec leta 2019 je ELIXIR-SI podpisal pogodbo z MIZŠ za razvoj raziskovalne infrastrukture za mednarodno konkurenčnost slovenskega RRI prostora – ELIXIR-SI RI-SI-2. Nadgradnja v višini 5,26 mio EUR se financira s pomočjo sredstev Evropskega sklada za regionalni razvoj in MIZŠ in bo zaključena sredi leta 2021.

S temi sredstvi ELIXIR-SI aktivno nadgrajuje obstoječo oz. vzpostavlja novo infrastrukturo v slovenskem raziskovalnem prostoru preko treh stebrov:

  1. nacionalna infrastruktura za pridobivanje visokogostotnih podatkov s pomočjo laboratorijskih visokozmogljivostnih tehnologij (genomske tehnologije),
  2. osrednje nacionalno podatkovno vozlišče za področje ved o življenju ter
  3. središče za izobraževanje in usposabljanje na področju ved o življenju za uporabo bioinformatskih orodij, analiz in storitev.

Mednarodni

ELIXIR-CONVERGE

  • Vseevropski projekt ELIXIR-CONVERGE (trajanje 36 mesecev), v katerega je vključenih 23 vozlišč, je namenjen razvoju orodij za upravljanje s podatki ter standardizaciji upravljanja s podatki na področju ved o življenju. Na voljo bo več raziskovalnih podatkov, dostopnih strokovni javnosti, s čimer bo mogoč vpogled v nekatere aktualne družbene izzive (npr. varnost preskrbe s hrano, zdravje starostnikov, inovacije v biomedicini in biotehnologiji).
  • ELIXIR-CONVERGE bo na nacionalnem nivoju razvil delovanje raziskovalne infrastrukture za zagotavljanje dobrega upravljanja s podatki, obnovljivosti podatkov ter njihove ponovne uporabe.
  • Ključen namen projekta je na osnovi že obstoječih raznolikih in trenutno porazdeljenih podatkovnih zbirk vzpostaviti skupno evropsko mrežo podatkov o vedah o življenju, ki bo uporabnikom omogočala pridobivanje novega znanja in odkritij.
  • Številka pogodbe: 871075

Beyond 1 Million Genomes

  • Konzorcij Beyond 1 Milion Genomes (B1MG) bo zagotavljal usklajevanje in podporo pobudi 1+ Million Genomes (1 + MG), ki temelji na sodelovanju 21 držav članic Evropske unije in Norveške. Te države so podpisale Deklaracijo ‘Towards access to at least 1 million sequenced genomes in the EU by 2022’. Slovenija je bila v skupini prvih podpisnic. Vse sodelujoče države so soglašale in se zavezale, da bodo z namenom napredovanja zdravstvenih in medicinskih praks širom Evrope vzpostavile skupno mrežo nacionalnih zbirk genomov, povezanih s fenotipskimi podatki.
  • S projektom B1MG bo podprto oblikovanje vseevropske zdravstvene podatkovne infrastrukture na področju genoma, ki bo vključevala standarde kakovosti in izmenjave podatkov, protokole za dostopanje do podatkov ter pravne smernice.
  • Številka pogodbe: 951724

European joint programme on rare diseases – EJP RD

  • Evropski program za redke bolezni (EJP RD) združuje več kot 130 institucij iz 35 držav. Cilj projekta je ustvariti celovit, trajnosten ekosistem, ki bo povezoval raziskave, oskrbo in medicinske inovacije na področju redkih bolezni.
  • Številka pogodbe: 825575

Center odličnosti za osebno medicino – PerMedCoE

  • PerMedCoE je vseevropski projekt, ki ga koordinira barcelonski center za superračunalništvo (BSC) in financira Evropska komisija.
  • PerMedCoE temelji na računalništvu visoke zmogljivosti (high performance computing – HPC).
  • Projekt bo izboljšal programiranje računalniških simulacij na nivoju celice in tako premostil razliko med simulacijami na nivoju molekul in celotnega organizma.
  • Projekt pomembno prispeva k načrtu za razvoj osebne medicine v Evropi (European Personalised Medicine Roadmap).
  • Številka pogodbe: 951773

Instand-NGS4P

  • Projekt Instand-NGS4P bo omogočil izboljšanje zdravljenja pacientov z rakom preko razvoja standardnih delotokov NGS za klinično prakso. Partnerji projekta bodo preko odprtih razprav s ponudniki in področnimi strokovnjaki izdelali zahteve za dva standardna delotoka NGS, vključno s kliničnim sistemom za podporo odločanju, ki se bosta uporabljala v klinični onkološki praksi.
  • Številka pogodbe: 874719

EOSC Life

  • EOSC-Life združuje 13 ESFRI raziskovalnih infrastruktur ved o življenju (LS RI), da bi ustvarili odprt, digitalni in sodelovalni prostor za biološke in medicinske raziskave.
  • Projekt bo objavil “FAIR” podatke in katalog storitev, ki jih nudijo sodelujoče RI za upravljanje, shranjevanje in ponovno uporabo podatkov v evropskem odprtem znanstvenem oblaku (EOSC).
  • Številka pogodbe: 8824087

ELIXIR Excelerate

  • EXCELERATE financiranje (2015-2019) je pomagalo prioritetni raziskovalni infrastrukturi na področju ved o življenju (ELIXIR)  koordinirati, standardizirati in upravljati s pridobljenimi podatki ter jih razširiti v 17 evropskih državah, vključno s Slovenijo (ELIXIR-SI). Projekt je podpiral tudi vseevropski program izobraževanja, s katerim sta se povečali bioinformatska zmogljivost in usposobljenost.
  • Številka pogodbe: 676559

IJS

  • H2020 TAILOR – Foundations of Trustworthy AI Integrating Learning, Optimisation and Reasoning. Vodja: S. Džeroski. Trajanje projekta: 2020 – 2023
  • H2020 FNS-Cloud – Računalniški oblak in storitve za obdelavo podatkov iz področja ved o hrani, prehrani in varnosti. Vodja: N. Lavrač. Trajanje projekta: 2019 – 2023
  • COST Evropska zbirka talnih bioloških podatkov za varstvo tal. Vodja: M. Debeljak. Trajanje projekta: 2019 – 2023
  • H2020 AI4EU – Evropska platforma za razvoj umetne inteligence in pripadajočega ekosistema. Vodja: S. Džeroski. Trajanje projekta: 2019 – 2021
  • Rudarjenje podatkov in podpora odločanja pri trajnostni pridelavi hrane. Vodja: V. Kuzmanovski. Trajanje projekta: 2017 – 2020
  • Učenje modelov bolezni in terapij za sistemsko in osebno medicino. Vodja: J. Tanevski. Trajanje projekta: 2017 – 2020

KIS

  • ECOBREED: Increasing the efficiency and competitiveness of organic crop breeding, EU H2020 project, Grant agreement No. 771367, Koordinator projekta: V. Meglič. Trajanje projekta: 2018 – 2023,
  • Exploiting the multifunctional potential of belowground biodiversity in horticultural farming – EXCALIBUR, EU H2020 project, Trajanje projekta: 2019 – 2024,
  • Image analysis for early detection of quarantine plant pests – Root-knot nematodes and Cyst nematodes – NEMDETECT, EFSA project, Trajanje projekta: 2019 – 2022.

NIB

  • C3330-18-252004: EraCoBIoTech Indie; Indie – Biotehnološka proizvodnja trajnostnega indola
  • C3330-18-252003: EraCoBIoTech Susphire; Susphire – Sustainable Bioproduction of Pheromones for Insect Pest Control in Agriculture
  • GA 824087: H2020 EOSC Life; EOSC-Life – Providing an open collaborative space for digital biology in Europe
  • ADAPT: Accelerated Development of multiple-stress tolerAnt PoTato

UKCLJ KISLD

  • Pobuda za inovativna zdravila – Skupno podjetje IMI2 (IMI-JU): projekt INNODIA

  • Endo-ERN

  • MetabERN

  • ERN RITA

  • ERN PaedCan

  • InterReg ITA-SLO projekt CATTEDRA

UKCLJ KIGM

  • Solve-RD – evropski projekt za koordinacijo reševanja diagnostike pacientov z redkimi boleznimi

UL MF

UL VF

  • Izolacija, karakterizacija in možnost uporabe eksosomov iz mezenhimskih matičnih celic za napredna zdravljenja psov. Vodja: S. Koprivec. Trajanje projekta: 2019 – 2022.
  • Presajanje celic v možgane miši kot model za zdravljenje možganskih poškodb. Vodja: M. Čater. Trajanje projekta: 2017 – 2020.
  • Razvoj in uporaba naprednih celičnih terapij za zdravljenje demence pri psih. Vodja: S. Prpar Mihevc. Trajanje projekta: 2017 – 2020.

Nacionalni

IJS

  • N2-0128: Avtomatizirana sinteza in analiza znanstvenih modelov. Vodja: S. Džeroski. Trajanje projekta: 2019 – 2022
  • J7-1815: Restavriranje plesnivih slik na platnu: izboljšanje ali poslabšanje? Vodja: P. Zalar. Trajanje projekta: 2019 – 2022
  • J2-9230: Izboljšanje ponovljivosti eksperimentov in večkratne uporabe raziskovalnih izsledkov pri analizi kompleksnih podatkov.
    Vodja: P. Panče. Trajanje projekta: 2018 – 2021
  • J7-9400: Nevropsihološke disfunkcije, ki jih povzroča nizka stopnja izpostavljenosti izbranim onesnaževalom iz okolja pri občutljivi populaciji – NEURODYS. Vodja: M. Horvat. Trajanje projekta: 2018 – 2021
  • N2-0078: Semantično rudarjenje prostodostopnih povezanih podatkov. Vodja: N. Lavrač. Trajanje projekta: 2018 – 2021
  • P2-0103: Tehnologije znanja. Vodja: N. Lavrač. Trajanje projekta: 2015 – 2021

KI

  • P1-0017: Modeliranje kemijskih procesov in lastnosti spojin. Vodja: M. Novič. Trajanje projekta: 2020 – 2025
  • P1-0391: Molekularne interakcije. Vodja: G. Anderluh. Trajanje projekta: 2015 – 2021

KIS

  • P4-0072: Agrobiodiverziteta. Vodja: V. Meglič. Trajanje projekta: 2018 – 2023
  • L4-1840: Nove prakse za blaženje abiotskega in biotskega stresa koruze v luči klimatskih sprememb. Vodja: U. Žibrant. Trajanje projekta: 2019 – 2022

NIB

  • P4-0165: Biotehnologija in sistemska biologija rastlin. Vodja: M. Ravnikar. Trajanje projekta: 2015 – 2021
  • J1-8142: Vibracijska komunkacijska omrežja: od žuželk do rastlin. Vodja: M. Virant Doberlet. Trajanje projekta: 2017 – 2020
  • J4-9302: Raziskave medceličnih komunikacij v večceličnih skupnostih različnih izolatov bakterije iz rodu Bacillus. Vodja: I. Mandić-Mulec. Trajanje projekta: 2018 – 2021
  • J4-1777: Odkrivanje mehanizmov učinkovitosti in specifičnosti imunske signalizacije v krompirju z inovativnim pridobivanjem podatkov in modeliranjem. Vodja: K. Gruden. Trajanje projekta: 2019 – 2022
  • Z7-1888: Odkrivanje strukturnih in dinamičnih lastnosti mehanizmov rastlinskega odgovora z uporabo pristopov sistemske biologije. Vodja: Ž. Ramšak. Trajanje projekta: 2019 – 2021

UKCLJ KISLD

  • P3-0343: Etiologija, zgodnje odkrivanje in zdravljenje bolezni pri otrocih in mladostnikih. Vodja: T. Batellino. Trajanje projekta: 2017 – 2021
  • L7-8274: Imunski in genetski označevalci ter njihov vpliv na zgodnejše odkrivanje in usmerjeno zdravljenje sistemskega lupusa eritematozusa in sorodnih stanj. Vodja: T. Avčin. Trajanje projekta: 2017 – 2020
  • J7-1820: Povezava nihanja ravni glukoze in vzorcev metilacije DNK z zgodnjimi znaki okvare očesne mrežnice in ledvic pri posameznikih s sladkorno boleznijo tipa 1. Vodja: N. Bratina. Trajanje projekta: 2019 – 2022
  • J3-9282: Iskanje zgodnjih epigenetskih bioloških označevalcev kliničnih zapletov debelosti pri otroški populaciji. Vodja: J. Kovač. Trajanje projekta: 2018 – 2021
  • L3-9290: Sladkor v prehrani: razpoložljivost v živilih, prehranski vnosi in vplivi na zdravje. Vodja: I. Pravst. Trajanje projekta: 2018 – 2021
  • J7-9411: Vpliv akutne hiperglikemije na aktivacijo kognitivnih regij možganov, na ekspresijo genov in epigenetske markerje oksidativnega stresa. Vodja: T. Batellino. Trajanje projekta: 2018 – 2020
  • V3-1911: Slovenski genomski projekt. Vodja: B. Peterlin. Trajanje projekta: 2019 – 2022

UKCLJ KIGM

  • V3-1912: Razvoj slovenskega vozlišča za evropske referenčne mreže. Vodja: L. Lovrečić. Trajanje projekta: 2019 – 2021
  • J3-9280: Identifikacija novih genetskih dejavnikov in mehanizmov za nevrodegenerativne bolezni s pristopi sekvenciranja nove generacije. Vodja: A. Maver. Trajanje projekta: 2018 – 2021
  • P3-0326: Ginekologija in reprodukcija: Genomika za personalizirano medicino. Vodja: B. Peterlin. Trajanje projekta: 2020 – 2025
  • V3-1911: Slovenski genomski projekt. Vodja: B. Peterlin. Trajanje projekta: 2019 – 2022
  • Vključenost v več nacionalnih referenčnih mrež (ERN-RND, ERN-NMD)

UL BF

  • P4-0077: Kmetijske rastline – genetika in sodobne tehnologije. Vodja: J. Jakše. Trajanje projekta: 2019 – 2024
  • P4-0220: Primerjalna genomika in genomska biodiverziteta. Vodja: P. Dovč. Trajanje projekta: 2020 – 2025
  • J4-8220: Funkcionalna in strukturna analiza verticilijskih efektorskih proteinov in njihovih tarč v hmelju in modelnih rastlinah. Vodja: S. Berne. Trajanje projekta: 2017 – 2020
  • J4-1778: Uporaba malega proteina bakteriofaga v boju proti razvoju odpornosti proti antibiotikom pri bakteriji Staphylococcus aureus. Vodja: M. Butala. Trajanje projekta: 2019 – 2022
  • J1-8150: “DNA sampling II”:”: Metoda za prepoznavo na DNA neposredno ali posredno vezanih proteinov v bakteriji. Vodja: M. Butala. Trajanje projekta: 2017 – 2020

UL MF

  • V3-1912: CRP ERN – Razvoj slovenskega vozlišča za evropske referenčne mreže. Vodja: L. Lovrečić. Project duration: 2019 – 2021
  • V3-1911: CRP SGP – Slovenski genomski projekt. Vodja: B. Peterlin. Trajanje projekta: 2019 – 2022
  • IP-022: Mreža raziskovalnih infrastrukturnih centrov, Univerza v Ljubljani  (MRIC UL-CFGBC, MRIC UL-ELIXIR). Vodja: M. Krajnc. Trajanje projekta: 2015 – 2021

UL VF

  • P4-0092: Zdravje živali, okolje in varna hrana. Vodja: M. Ocepek. Trajanje projekta: 2020 – 2025
  • P4-0053: Endokrini, imunski in encimski odzivi pri zdravih in bolnih živalih. Vodja: M. Vrecl Fazarinc. Trajanje projekta: 2019 – 2024
  • J4-1774: Uporaba probiotikov za nadzor kontaminacij rej perutnine s kampilobaktri in salmonelami. Vodja: M. Ocepek. Trajanje projekta: 2019 – 2022
  • J4-9321: Izboljšanje imunske odpornosti živali proti Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis in toksinom bakterije Clostridium perfringens z uporabo protiteles pridobljenih iz kokošjih jajc. Vodja: M. Ocepek. Trajanje projekta: 2018 – 2021
  • J4-8224: Ugotavljanje in karakterizacija povzročiteljev kužnih bolezni z metodo naslednje generacije sekvenciranja. Vodja: I. Toplak. Trajanje projekta: 2017 – 2020
  • J4-9436: Vpiv estrogenih hormonov pred puberteto na aktivno feminizacijo možganov in razvojnovega hormonskega vsadka za posnemanje spolnega cikla. Vodja: G. Majdič. Trajanje projekta: 2018 – 2021

UM