O nas

ELIXIR Evropa

ELIXIR je medvladna organizacija, ki z ustrezno infrastrukturo povezuje in nadgrajuje obstoječe podatkovne vire in storitve v Evropi. Sledi modelu “središča in vozlišč”. Središče ELIXIR se nahaja v Hinxtonu, (Cambridge, Velika Britanija), nacionalna vozlišča pa v Centrih odličnosti po vsej Evropi. Vlade in ministrstva držav so članice konzorcija ELIXIR, znanstvena skupnost v vsaki državi članici pa razvija svoje nacionalno vozlišče.

 

ELIXIR Slovenija

ELIXIR Slovenija (ELIXIR-SI) je slovensko vozlišče ELIXIR, ki ga koordinira Univerza v Ljubljani, Medicinska fakulteta. Člani ELIXIR-SI so še mnoge druge vodilne slovenske raziskovalne organizacije, ki so podpisale Sporazum o delovanju slovenskega vozlišča.


ELIXIR-SI aktivno nadgrajuje obstoječo oz. vzpostavlja novo infrastrukturo v slovenskem raziskovalnem prostoru preko treh stebrov:

  1. nacionalna infrastruktura za pridobivanje visokogostotnih podatkov s pomočjo laboratorijskih visokozmogljivostnih tehnologij (genomske tehnologije),
  2. osrednje nacionalno podatkovno vozlišče za področje ved o življenju ter
  3. središče za izobraževanje in usposabljanje na področju ved o življenju za uporabo bioinformatskih orodij, analiz in storitev.

Nadgradnja se financira s pomočjo sredstev Evropskega sklada za regionalni razvoj in MIZŠ in bo zaključena sredi leta 2021.

Pišite nam s svojimi idejami in prošnjami!

Upravljanje ELIXIR-SI

Vodja vozlišča ELIXIR-SI: Brane Leskošek
Tehnični koordinator: Marko Vidak
Upravni odbor (UO) ELIXIR-SI:

ULMF

ČLAN UO: Damjana Rozman
NAMESTNIK: Brane Leskošek

ARNES

ČLAN UO: Avgust Jauk
NAMESTNIK: Tomi Dolenc

NIB

ČLAN UO: Kristina Gruden
NAMESTNIK: Špela Baebler

UM

ČLAN UO: Urban Bren

NAMESTNIK: Polonca Ferk

VF

ČLAN UO: Marko Cotman
NAMESTNIK: Gregor Majdič

FRI

ČLAN UO: Miha Mraz
NAMESTNIK: Blaž Zupan

KI

ČLAN UO: Marjana Novič
NAMESTNIK: Nada Kraševec

UKCLJ

ČLAN UO: Jernej Kovač

NAMESTNIK: Tinka Hovnik

IJS

ČLAN UO: Sašo Džeroski
NAMESTNIK: Dragi Kocev

KIS

ČLAN UO: Jelka Šuštar Vozlič
NAMESTNIK: Barbara Gerič Stare

BF

ČLAN UO: Jernej Jakše
NAMESNTIK: Tanja Kunej

Člani

ARNES

Akademska in raziskovalna mreža Slovenije (ARNES) je javni zavod, ki nudi mrežne storitve raziskovalnim, izobraževalnim in kulturnim organizacijam ter jim omogoča vzpostavitev povezav in sodelovanja med seboj in s sorodnimi organizacijami v tujini.

 

Arnes kot član GEANT-a vzdržuje nacionalno e-infrastrukturo za raziskovalno in izobraževalno skupnost, saj ponuja svoje storitve v oblaku ter storitve, vključno z računskimi in pomnilniškimi viri, orodji za videokonference in sodelovanje.

 

 

Arnes koordinira tudi slovenski konzorcij za HPC, distribuira računalništvo z visokim pretokom in odprte znanstvene podatke (SLING) ter upravlja nacionalno zvezo za overjanje in avtorizacijo ArnesAAI (član EduGAIN), da pomaga uporabnikom pri storitvah in virih dostopa do R&E.

Institut "Jozefa Stefan" (IJS)

Poslanstvo Instituta je v ustvarjanju, širjenju in prenosu znanja na področju naravoslovnih in tehniških znanosti ter znanosti o življenju.

 

Institut izvaja vrhunske raziskave in razvoj tehnologij, kot so nanotehnologije, novi materiali, biotehnologije, tehnologije vodenja in proizvodnje, komunikacijske tehnologije, računalniške tehnologije in tehnologije znanja, okoljske tehnologije in reaktorske tehnologije.

Kmetijski inštitut Slovenije (KIS)

Kmetijski inštitut Slovenije je vodilna raziskovalna inštitucija na področju kmetijstva v Sloveniji. Celovito se ukvarja s problematiko sodobnega kmetijstva ter širi svoje delovanje na področje varstva okolja in ekologije.

 

Kmetijski inštitut Slovenije je javni raziskovalni zavod, ki izvaja temeljne, uporabne in razvojne raziskave ter strokovne naloge v kmetijstvu, objavlja rezultate znanstveno-raziskovalnega, strokovnega in kontrolnega dela, opravlja naloge na podlagi pooblastil in akreditacij, preverja kakovost kmetijskih pridelkov in izdelkov, ki se uporabljajo v kmetijstvu.

Kemijski inštitut (KI)

Kemijski inštitut je druga največja raziskovalna organizacija na področju naravoslovja v Sloveniji.

 

Raziskovalci inštituta izvajajo temeljne in aplikativne raziskave v kemiji in sorodnih področjih, pri čemer posvečajo veliko pozornost uporabni znanosti in sodelovanju z gospodarstvom. 

logonib

Nacionalni inštitut za biologijo (NIB)

Nacionalni inštitut za biologijo (NIB, est. 1960) je največji neodvisni javni raziskovalni inštitut za naravoslovne vede v Sloveniji. Raziskovalne dejavnosti inštituta se osredotočajo na reševanje okoljskih, kmetijskih, živilskih in zdravstvenih vprašanj. Osnovna dejavnost inštituta ostajajo temeljne, razvojne in aplikativne raziskave na področju naravoslovja, biotehnologije, biofizike, biomedicine, bioinformatike in sistemske biologije.

Dejavnosti ELIXIR in ELIXIR-SI koordinira Oddelek za biotehnologijo in sistemsko biologijo z močnim poudarkom na rastlinski bioinformatiki in sistemski biologiji ter je sovodja ELIXIR Skupnosti za rastlinske vede.

Na oddelku smo razvili več orodij in pristopov za pridobivanje pomembnih bioloških informacij iz kompleksnih omskih podatkov, med ostalimi GoMapMan in DiNAR. V povezavi z analizo omrežij, so bila razvita orodja uspešno uporabljena za detekcijo pomembnih regulacijskih vozlišč v interakcijah med rastlinami in škodljivimi organizmi, vendar njihova implementacija omogoča uporabo na različnih področjih rastlinske biologije in širše. Produkt uspešnega sodelovanje z Odsekom za tehnologije znanja (IJS, Slovenija) je aplikacija Biomine Explorer.

Prav tako smo razvili orodje quantGenious za poenostavitev analize in organizacije surovih podatkov qPCR, različne statistične in bioinformatske poti za analize transkriptomskih podatkov (R), orodje za analizo slik rastlinskega izvora (Matlab) in orodje pISA-tree za organizacijo projektnih eksperimentalnih podatkov. Sodelujemo pri razvoju novih standardov, znotraj konzorcija ELIXIR-EXCELERATE (H2020 projekt) smo namreč razširili standard za rastlinsko fenotipizacijo (MIAPPE).

Univerza v Ljubljani (UL)

Univerza v Ljubljani (UL) je najstarejša in največja visokošolska in znanstveno raziskovalna ustanova v Sloveniji. Znana je po kakovostnih družboslovnih, naravoslovnih in tehničnih študijskih programih, strukturiranih v skladu z Bolonjsko deklaracijo.

Institucije, ki sodelujejo v UL v ELIXIR-SI, so:

Univerza v Mariboru (UM)

Univerza v Mariboru (UM) je s svojimi 19 članicami (17 fakultet, Univerzitetna knjižnica in Študentski domovi) druga največja in druga najstarejša univerza pri nas. Na njej študira okrog 13500 študentov, zanje pa skrbi približno 2000 zaposlenih in zato nosi izredno pomembno vlogo v kohezijski regiji Vzhodna Slovenija. Je avtonomna, znanstveno-raziskovalna in izobraževalna ustanova, katere namen je odkrivanje znanja, skrb za znanje ter prenašanje znanja skozi vsepovezanost humanistike, družboslovja, tehnike, ekonomije, medicine, naravoslovja, prava, pedagoških ved in umetnosti v širšo družbeno skupnost. Njena usmeritev je v pridobivanju najboljših študentov in ustvarjanju razvojnega okolja, kjer je doma odličnost v vseh pogledih.

Univerzitetni klinični center Ljubljana (UKCLJ)

Univerzitetni klinični center Ljubljana je največja zdravstvena ustanova v Sloveniji in eden pomembnih gonilnikov biomedicinskih raziskav v regiji.


UKCLJ skrbi za zdravstveno varstvo, izobraževanje in raziskave ter je zavezan k zagotavljanju varne, visokokakovostne in standardizirane oskrbe pacientov.


Enote:

  1. Oddelek za genomiko
    • Enota za molekularno genetiko
    • Enota za NGS
    • Enota za bioinformatiko
  2. Oddelek za citogenetiko
    • Celični laboratorij
    • Enota za analize kariotipov in FISH
  3. Biobanka
  4. Ambulanta za klinično genetiko

Smo:

Univerzitetni klinični center Ljubljana (UKCL)/Klinični oddelek za revmatologijo

UKCL je največja javna zdravstvena ustanova v Sloveniji, ki ponuja diagnostiko in terapijo ter promovira klinične raziskave in izobraževanje s ciljem spodbujanja inovativnega/uporabnega znanja v korist bolnikov. Nacionalni raziskovalni program z naslovom »Sistemske avtoimunske bolezni« (#P3-0314) na Kliničnem oddelku za revmatologijo in v Imunološkim laboratoriju predstavlja dinamično okolje za raziskovanje vnetnih revmatskih bolezni z multidisciplinarnimi pristopi. V prihodnosti bodo naše raziskave usmerjene k novim tehnologijam, kot so posameznocelično sekvenciranje RNA in prostorsko pozicioniranje, z namenom odražanja naše širše strategije za celovito razumevanje celične/tkivne funkcionalne organizacije in patofiziologije, ki zagotavlja vpogled v mehanizme/procese bolezni in nove terapije.