Laboratorij

Osrednja nacionalna infrastruktura za visokogostotne podatke

1. Laboratoriji

 

Osrednji laboratorij za sekvenciranje naslednje generacije

V ustanavljanju. Laboratorij bo partnerjem ELIXIR-SI nudil sodobno NGS in drugo visokozmogljivostno laboratorijsko opremo, orodja in storitve.

 

Laboratorij za posameznocelične analize

V ustanavljanju. Laboratorij bo partnerjem ELIXIR-SI nudil sodobno opremo, orodja in storitve za posameznocelične analize, vključno s Chromium Controller Spatial (10x Genomics), GridION (Oxford Nanopore), konfokalni invertni mikroskop (Carl-Zeiss).

Drugi laboratoriji:

2. Raziskovalna oprema

Raziskovalna oprema projekta ELIXIR-SI RI-SI-2

Osrednji laboratorij za sekvenciranje naslednje generacije

Aparatura nCounter® SPRINT Profiler (proizvajalec NanoString Technologies, Inc.) omogoča hkratno kvantitativno analizo do 800 zaporedij nukleinskih kislin (DNA in RNA) ali proteinov v vzorcu (ali hkratno kvantitativno analizo do 200 zaporedij nukleinskih kislin v 4 vzorcih). Fluorescentno označene sonde se vežejo na specifična zaporedja nukleinskih kislin v vzorcu, nevezane sonde se med pripravo vzorca odstranijo.

 

S pomočjo mikroskopa in računalniške analize slike sistem določi vrsto in število vezanih sond ter s tem omogoča kvantitativno analizo nukleinskih kislin in proteinov. Prednost sistema je hitra in enostavna priprava vzorca za analizo, brez pomnoževanja, brez prepisovanja v cDNA, brez priprave knjižnice. Omogoča tudi analizo zahtevnih vzorcev, kot so FFPE vzorce (vzorci, fiksirani v formalinu in vklopljeni v parafin), vzorci tkiv, lizati in tekočine.

 

Rezervacija aparature

V primeru, da želeni termin ni na voljo, nam pišite na info@elixir-slovenia.org

Rezervacija aparature

V primeru, da želeni termin ni na voljo, nam pišite na info@elixir-slovenia.org

QuantStudio 7 Pro je modularni sistem najnovejše generacije inštrumentov za PCR v realnem času proizvajalca Applied Biosystems (del Thermo Fisher Scientific).   Modul Real-Time PCR omogoča uporabo hitrih 96- in 384-mestnih termo blokov za izvajanje verižne reakcije s polimerazo v realnem času (kvantitativni PCR) in izvajanje nekaterih funkcij preko glasovnih ukazov. Preko funkcije HRM omogoča hitro in natančno prepoznavanje polimorfizmov enega nukleotida (SNP) v proučevanem vzorcu. Optika omogoča razločevanje med 21-imi različnimi fluorescentnimi barvili v območju vzbujanja 450-600 nm in območju detekcije 500-640 nm.   Digitalni modul Studio 3D pa omogoča kvantitativne PCR aplikacije brez uporabe reference oziroma standardne krivulje z možnostjo uporabe na številnih področjih. Reakcija PCR pomnoževanja poteka na polprevodniškem čipu s kapaciteto 20.000 luknjic.   Priložena je vsa potrebna programska oprema za zajemanje in obdelavo podatkov.
QuantStudio 7 Pro Real-Time PCR sistem
QuantStudio™ 3D Digital PCR Instrument

Rezervacija aparature

V primeru, da želeni termin ni na voljo, nam pišite na info@elixir-slovenia.org

 

Pokončni konfokalni laserski skenirni mikroskop je opremljen z motorizirano mikroskopsko mizico z možnostjo skeniranja po oseh x in y in ostrenjem po osi z. Vsebuje 10x, 40x in 63x objektive, laserje valovnih dolžin 448 nm, 488 nm, 552 nm in 638 nm in dva skenirna detektorja, pri čemer je eden super občutljiv GaAsP detektor.

 

Za zagotovitev optimalnih pogojev večbarvnega slikanja, detektorja omogočata prosto nastavljivo pasovno širino zaznavanja valovne dolžine. Programska oprema omogoča slikanje s časovnim zamikom v xyz koordinatah, ločevanje spektrov posameznih fluorescentnih barvil in motorizirano skeniranje več regij zanimanja. Glavna prednost mikroskopa je velika delovna razdalja (25 cm) med motorizirano mikroskopsko mizico in ciljno fokusno ravnino, kar omogoča in-vivo opazovanje velikih vzorcev, na primer rastlin.

Rezervacija aparature

V primeru, da želeni termin ni na voljo, nam pišite na info@elixir-slovenia.org

 

Laboratorij za posameznocelične analize

 

Konfokalni mikroskop LSM 900 omogoča študij tri-dimenzionalne razporeditve fluorescenčno označenih molekul v celicah in tkivih. Prilagojen je za delo z in vitro sistemi, kot so celične in tkivne kulture, organoidi in rezine tkiv.

 

V konfokalni sistem je vključena komora za vzdrževanje celic pri nastavljivi temperaturi in koncentraciji plinov (CO2 in O2), kar omogoča dolgotrajne poskuse na živih celicah in študij celično-fizioloških procesov v teh celicah.

Rezervacija aparature

V primeru, da želeni termin ni na voljo, nam pišite na info@elixir-slovenia.org.

 

Aparatura Chromium Controller omogoča posameznocelične (SC) analize in genomske analize s tehnologijo Linked-Reads. Chromium SC rešitve vključujejo analizo genske ekspresije, epigenetike (tehnologija ATAC), analizo celičnih površinskih proteinov, imunsko profiliranje in tarčno gensko ekspresijo na nivoju posameznih celic.

 

Platforma Chromium je pripravljena na osnovi tehnologije Next GEM. Ključna pri tej tehnologiji je zmožnost generiranja več deset tisoč posameznoceličnih particij, od katerih vsaka vsebuje unikatno identifikacijsko črtno kodo za nadaljnjo analizo.

Rezervacija aparature

V primeru, da želeni termin ni na voljo, nam pišite na info@elixir-slovenia.org.

GridION je sekvenator tretje generacije podjetja Oxford Nanopore Technologies in omogoča branje dolgih fragmentov DNA, RNA ali cDNA. Identifikacija zaporedja nukleinskih kislin poteka na podlagi spremembe električnega toka pri prehodu DNA/RNA skozi proteinsko poro.


Sekvenciranje lahko poteka na 5 pretočnih celicah sočasno na katerih je lahko skupno prebranih do 150Gb s tem pa je omogočeno sekvenciranje genomov in transkriptomov vseh vrst organizmov tudi človeka. S tehnologija Nanopore je omogočeno enostavno sekvenciranje in sestavljanje še nepoznanih genomov. Računalniška zmogljivost GridION-a omogoča »base-calling« v realnem času in s tem omogoča spremljanje in vodenje poteka sekvenciranja.

Rezervacija aparature

V primeru, da želeni termin ni na voljo, nam pišite na info@elixir-slovenia.org.

Druga raziskovalna oprema

KI
  • Krio-transmisijski elektronski mikroskop z osnovno IKT podporo
  • Ažmanov računski center – Center za visoko zmogljivo računanje na KI
KIS
  • Hiperspektralne kamere:
    • Linijska spektroskopska skenerja slik; HySpex VNIR (območje spektra 400–988 nm) in SWIR (950–2500 nm) (Norsk Elektro Optikk AS),
    • Multispektralna kamera s 5 slikovnimi kanali, RedEdge (Micasense)
NIB
UKCLJ

KISLD

  • sekvenatorji NGS (Illumina MiSeq, ONT MinION)
  • Oprema za pripravo knjižnic NGS (tarčne obogatitve, WGS, RNASeq, ChIPSeq, long-reads knjižnice, miRNA-SEQ, Epi-SEQ)
  • Oprema za analizo zunajcelične RNA/DNA (cfDNA/RNA SEQ)
  • Celični laboratorij
  • Svetlobni & fluorescenčni avtomatiziran mikroskopski sistem
UL BF
  • NGS sekvenator IonProton™ s pripadajočo opremo
  • Sanger sekvenator ABI Prism 3130XL s 16-imi kapilarami
  • Oprema za DNA/RNA/proteinsko analizo (PCR, qPCR, elektroforeze, gelski dokumentacijski sistem, kvantifikacija vzorcev)
  • Linux server z 12-imi procesorji, 170 GB delovnega pomnilnika, 18 TB diskovnega prostora
  • Programska oprema: CLC Genomics Workbench, CLC Genomics Server, Codon Code Aligner, BLAST2GO ukazna vrstica
UL VF
  • Sekvenator Ion Torrent PGM z Ion OneTouch2 (Ion Torrent, Thermo Fischer Scientific)
  • Ultrasonikator Covaris M220 Focused
  • Sistem za kakovostno in količinsko določanje DNA, RNA in proteinov LabChip GX (Caliper – Perkin Elmer)
  • Strežnik Dell PowerEdge R730
  • Masni spektrometer MALDI-TOF (Bruker Daltonics Inc.)
  • Aparatura za PCR v realnem času ABI PRISM 7500 Real Time PCR System (Applied Biosystems)
  • Aparatura za PCR v realnem času Rotor-Gene Q (Qiagen)
  • Aparatura za PCR v realnem času (LightCycler 1.2, 2.0 LightCycler, Roche)
  • Aparatura za PCR v realnem času QuantStudio 5 Real-Time PCR Systems (Applied Biosystems)
  • Digitalni PCR 3D QS (Applied Biosystems)
  • Kapilarni sekvenator (ABIPRISM 310, Applied Biosystems)
  • Aparature za klasični PCR (Biometra, AB-Thermo Fisher)
  • Sistem za dokumentacijo gelov GenGenious (Syngen)
  • Kapilarna elektroforeza QIAXCEL (QIAGEN)
  • Ultracentrifuga s hlajenjem (Beckman)
  • Aparatura za avtomatsko izolacijo nukleinskih kislin Kingfisher
UM
  • Računalniški klaster KROP1
  • Računalniški klaster KROP2
  • 2x spektrofotometer UV/VIS